Como fica a emissão da nota conjugada com ISS no caso da utilização da NF-e?

A utilização de NF-e como sendo Nota Fiscal Conjugada depende de prévio convênio ou protocolo de cooperação entre a SEFAZ e cada prefeitura municipal. Na maior parte dos Estados, estes convênios ou protocolos ainda não foram firmados, de modo que o contribuinte que venda mercadorias e preste serviços deverá atualmente, em utilizando a NF-e, emitir dois documentos distintos.

http://www.nfe.fazenda.gov.br/portal/perguntasFrequentes.aspx?tipoConteudo=YpIbnx7ij6g=